Добре дошъл/дошла, Гост. Моля, въведи своето потребителско име или се регистрирай.
Декември 05, 2021, 10:19:54

Автор Тема: Елементарна вирусна генетика  (Прочетена 1664 пъти)

0 Потребители и 1 Гост преглежда(т) тази тема.

Неактивен Engels

  • Just Member
  • *****
  • Коментари: 4958
    • Профил
Елементарна вирусна генетика
« -: Октомври 28, 2021, 20:07:29 »
Голямата разлика между ДНК и РНК вирусите е голямото количество грешки с които се репликират РНК вирусите. РНК зависимата РНК полимераза на РНК вирусите се различава от ДНК зависимата ДНК полимераза с отсъствие на механизъм за отстраняване на грешки.
Склонността към грешки на РНК полимеразата при копирането е толкова голяма, че за вируси с геном състоящ се от 10000 основания, всеки дъщерен геном ще съдържа един различен от родителския нуклеотид, а в сравнение със сестринските два.
Това е забележителна способност да се поражда генетично разнообразие.
Има синонимни и несинонимни мутации.
Синонимните мутации не променят протеините на вируса.
Защото генетичния код който съдържа 64 кода, работи с 21 аминокиселини.
Така една аминокиселина може да се кодира с повече от 1 код. 
Тоест, когато една мутация не променя съответната аминокиселина в протеина е синонимна.
Това позволява създаване на група от вируси с еднакви свойства, но с различен геном.
Грипните вируси са РНК вируси, като коронавирусите, но уникалността на коронавирусите сред РНК вирусите е наличие на протеини които обезпечават точност на репликацията на генома на вируса. При Covid-19 това са NSP7 and NSP8 които помагат на NSP12 да направи нови копия на вирусния РНК геном.
Геномът на SARS-CoV-2 съдържа ∼30 000 нуклеотида, организирани в 14 отворени рамки за четене (ORFs).
Първият ORF представлява приблизително 67% от целия геном, кодиращ репликазни полипротеини, които допълнително се обработват от вирусни протеази в 15 неструктурни протеина (NSPs), състоящи се от NSP1–NSP10 и NSP12–NSP16.
Централната единица на механизма за репликация е NSP12, който е отговорен за активността на РНК-зависимата РНК полимераза (RdRP).
В допълнение, NSP7 и NSP8, с молекулни тегла от ∼9 и ∼22 kDa, съответно, служат за стабилизиране на процеса на репликация.
Репликацията на ∼30 kb дългия геном на коронавируса се медиира от комплекс от неструктурни протеини (NSP), в които NSP7 и NSP8 играят критична роля в регулирането на РНК-зависимата РНК полимеразна (RdRP) активност на NSP12.
Така коронавирусите са подложени на по-малко мутации от например грипните вируси, но много повече от ДНК вирусите.
Тоест, дори един болен от Covid-19 може да произведе голямо количество Covid-19 мутанти.
Но всички те се подлагат на естествен подбор в зависимост от условията на съществуване.
А условията на съществуване на вируса се променят от масираната генетична терапия която се провежда.
Тоест, за сега селекцията на новите мутации ще са насочени към неваксинираните,
тъй като има огромна маса от милиарди неваксинирани.
В момента все още селекционният режим е към по-висока заразност, а не толкова към избягване на антителата.
 Но това ще е само докато "ваксинираните" не станат мнозинство.
"The future is already here – it's just not evenly distributed."

Неактивен die Hexe

  • Full Member
  • ***
  • Коментари: 113
    • Профил
Re: Елементарна вирусна генетика
« Отговор #1 -: Октомври 28, 2021, 21:14:11 »
Интересно!
Тоест, според теб може дс се оксжем в ситуацията с болестта на Марек?
Но там, ако правилно помня, е днк вирус, а не рнк.
Тоест, макар принципът нс предпазливост да е зачеркнат, все пак може да се надяваме на различно развитие.
Пък и природатс може да ни изненада приятно, защо не? :)

ПП Направо се разтроихме с темите, няма ли да е удобнонда се съберат?

Неактивен SgtTroy

  • Just Member
  • *****
  • Коментари: 5512
    • Профил
Re: Елементарна вирусна генетика
« Отговор #2 -: Октомври 28, 2021, 21:23:05 »
може дс се оксжем в ситуацията с болестта на Марек?

...и да си ваксинираме пилетата на първия ден?

що нерви беше стоя марек, като мислехме, че едно од петлетата го е хванало, ма го тествахме и няаше  :0005:

Неактивен ddantgwyn

  • Just Member
  • *****
  • Коментари: 4923
    • Профил
Re: Елементарна вирусна генетика
« Отговор #3 -: Октомври 28, 2021, 21:42:18 »
ПП Направо се разтроихме с темите, няма ли да е удобнонда се съберат?

добре са така (imho), само трябва да решиш коя да следиш.
There is no dark side of the moon really …

Неактивен die Hexe

  • Full Member
  • ***
  • Коментари: 113
    • Профил
Re: Елементарна вирусна генетика
« Отговор #4 -: Октомври 28, 2021, 21:43:44 »
Ок, и трите, дядо попе :)

Неактивен Engels

  • Just Member
  • *****
  • Коментари: 4958
    • Профил
Re: Елементарна вирусна генетика
« Отговор #5 -: Октомври 28, 2021, 21:53:45 »
Тоест, макар принципът нс предпазливост да е зачеркнат, все пак може да се надяваме на различно развитие.
Винаги има такава възможност, Ковид е със сравнително стабилен геном и ако ние не го предизвикаме по някакъв начин, може да тръгне в благоприятна посока.
Китай не е проблем, там случаите са под контрол.
Виж Индия е много съмнителна.
"The future is already here – it's just not evenly distributed."

Неактивен try

  • Just Member
  • *****
  • Коментари: 503
    • Профил
Re: Елементарна вирусна генетика
« Отговор #6 -: Октомври 28, 2021, 22:00:31 »
...
Така коронавирусите са подложени на по-малко мутации от например грипните вируси, но много повече от ДНК вирусите.
Тоест, дори един болен от Covid-19 може да произведе голямо количество Covid-19 мутанти.
Но всички те се подлагат на естествен подбор в зависимост от условията на съществуване.
А условията на съществуване на вируса се променят от масираната генетична терапия която се провежда.
Тоест, за сега селекцията на новите мутации ще са насочени към неваксинираните,
тъй като има огромна маса от милиарди неваксинирани.
В момента все още селекционният режим е към по-висока заразност, а не толкова към избягване на антителата.
 Но това ще е само докато "ваксинираните" не станат мнозинство.
Engels,
Вкъщи се мотаят разни тухли по генетика, но не са моята специалност. (Всъщност, с годините все повече се убеждавам, че във всичко съм дилетант.)

Разбирам логиката на горното и предполагам на нея се крепи правилото "не ваксинираме по време на епидемия".
Но тя няма как да изключи мутация "към избягване на антителата", според мен, по което и да е време. Сигурно е по-малко вероятна?
Незнам и не мисля да споря по това. Просто изказах своите съмнения.

Всеки път, когато имам време, чета с голямо удовелствие темите в които пишеш. Освен чистото любопитство - някак си и ме държат в течение на онова, което е отвъд моите занимания.
Не пиша по понятни причини...

Записах се и се включих във форума единствено заради ковид-истерията.
Много ме дразни политизирането и полицейщината в отговор на един медицински проблем и мисля, че не са редни.

Според мен, свободните форуми са алтернатива на цензурираното ни ежедневие и е добре в тях да се дават отговори на фатмашко-индианските дивотии с които ни залива пропагандата, че и практиката.
А и е забавно да погъделичкаш форумните фатмаци.  :t0174:
Това...
Нов нюрнбергски трибунал за престъпниците срещу човешкия род и създателите на медицинския фашизъм !!!
Англия: | 21.557.104 неваксинирани, умрели 557 = 0,0026%. | 37.683.497 ваксинирани с 2 дози, умрели 2.136 = 0,0057% | Подробности на стр. 13, тема: Коронавирус, ваксини, статистики и документи

Неактивен Engels

  • Just Member
  • *****
  • Коментари: 4958
    • Профил
Re: Елементарна вирусна генетика
« Отговор #7 -: Октомври 28, 2021, 22:57:06 »
Но тя няма как да изключи мутация "към избягване на антителата", според мен, по което и да е време. Сигурно е по-малко вероятна?
Незнам и не мисля да споря по това. Просто изказах своите съмнения.
Така е. На този етап е малко вероятно масово да се разпространи мутант избягващ антителата.
Риск представлява бъдещето.
« Последна редакция: Октомври 29, 2021, 01:22:29 от Engels »
"The future is already here – it's just not evenly distributed."

Неактивен Engels

  • Just Member
  • *****
  • Коментари: 4958
    • Профил
Елементарна вирусна генетика
« Отговор #8 -: Октомври 29, 2021, 02:09:57 »
Но ако трябва да бъдем по-точни, не е проблем за вируса да преодолее ваксината и да започне да заразява ваксинираните. Такива мутации вече е имало.
Quote (selected)
Появление новых вариантов SARS-CoV-2 с мутациями в S-белке, которые придают устойчивость к нейтрализации, могут поставить под угрозу эффективность вакцин, сообщили ученые из Геттингенского университета в Германии. Их исследование опубликовано в журнале Nature.
Авторы работы изучили проникновение в опосредованные антителами клетки варианта коронавируса A.30 (также известен как A.VOI.V2), который зародился, вероятно, в Танзании и считался на сегодня устаревшим. Его выявили всего у нескольких пациентов в Анголе и Швеции весной 2021 года.
По мнению немецких исследователей, некоторые мутации в "шипиковом" белке SARS-CoV-2 позволяют игнорировать антитела и распространяться внелегочным путем, что сильно повышает возможности для заражения.
"A.30 демонстрирует предпочтение клеточной линии, не наблюдаемое для других вирусных вариантов, и эффективно избегает нейтрализации антителами, вызванными вакцинацией ChAdOx1 nCoV-19 или BNT162b2 (препараты от компаний AstraZeneca и Pfizer соответственно. — Прим. ред.)", — пишут ученые.
The spike protein of SARS-CoV-2 variant A.30 is heavily mutated and evades vaccine-induced antibodies with high efficiency
Но от еволюционна гледна точка, вирусът едва ли ще се възползва от такава мутация на този етап, при наличие на толкова много неваксинирани, които защитават ваксинираните.
В момента негов приоритет е да бъде по-контагиозен, тоест по-заразен.
Но когато ваксинираните станат мнозинство и започнат да затормозяват разпространението на вируса, мутациите придаващи на вируса възможност за преодоляване на ваксините ще станат актуални и вирусът ще се възползва от тях.
Тоест, въпросът е не дали, а кога.
"The future is already here – it's just not evenly distributed."

Неактивен Алиса ..

  • Just Member
  • *****
  • Коментари: 2344
  • Алиса в страната на кривите огледала
    • Профил
Re: Елементарна вирусна генетика
« Отговор #9 -: Октомври 29, 2021, 09:41:50 »
Когато разкарат биолабораториите от България, Източна Европа, и бившите съв. републики.
Щото материал има много. Като свършат леките вариациите на сарс, марс, ще изкарат и  други сникърси.
Ваксините не са решение.
Разследвания и арести.
Но всичко с времето си.

« Последна редакция: Октомври 29, 2021, 09:52:37 от Алиса .. »

Неактивен Дозирис 2.0

  • Just Member
  • *****
  • Коментари: 2551
    • Профил
Re: Елементарна вирусна генетика
« Отговор #10 -: Октомври 29, 2021, 16:18:20 »
Разследвания и арести.
Но всичко с времето си.

Ако ще чакаме второто пришествие на Тръмп, по-добре да си бегам.

Неактивен Алиса ..

  • Just Member
  • *****
  • Коментари: 2344
  • Алиса в страната на кривите огледала
    • Профил
Re: Елементарна вирусна генетика
« Отговор #11 -: Октомври 29, 2021, 16:41:25 »
Аа, стой с  :t2407:, и чакай някой да дойде да те  :t2407:.
« Последна редакция: Октомври 29, 2021, 16:43:35 от паралелепипед »

Неактивен Алиса ..

  • Just Member
  • *****
  • Коментари: 2344
  • Алиса в страната на кривите огледала
    • Профил
Re: Елементарна вирусна генетика
« Отговор #12 -: Октомври 30, 2021, 00:23:06 »
Какво ли съм искала дажа?

Неактивен Engels

  • Just Member
  • *****
  • Коментари: 4958
    • Профил
Кратък курс по биология
« Отговор #13 -: Октомври 30, 2021, 02:17:49 »
Кратък курс по биология
Този сайт е създаден от Майя Маркова, доцент в катедра Биология на Медицинския факултет на Медицинския университет – София. Повече за автора - на www.mayamarkov.com.
Текстовете са замислени като учебни материали за първокурсниците от Медицинския университет – София, но, разбира се, всички читатели са добре дошли.
Кратък курс по биология
Съдържание
Молекулни основи на живота
Предмет и метод на биологията
Прокариотна клетка
Еукариотна клетка
Произход и еволюция на клетката

Молекулна биология
1. Белтъци – строеж, свойства и функции.
2. Белтъци – методи за изследване.
3. Организация на наследствения материал при прокариотите.
4. Организация на наследствения материал при еукариотите.
5. Транскрипция и регулация на транскрипцията при прокариотите.
6. Транскрипция и регулация на транскрипцията при еукариотите.
7. Зреене на РНК (процесинг).
8. Транслация – генетичен код и участници в процеса.
9. Транслация – механизъм и контрол.
10. Съдба на белтъците след транслацията – разпределяне по компартменти и нагъване.
11. Съдба на белтъците след транслацията – посттранслационни модификации и разграждане.
12. Репликация на ДНК – общи особености и основни типове.
13. Репликация на ДНК – механизъм.
14. Репарация (поправка) на ДНК.
15. Рекомбинация на ДНК. Обща (хомоложна) рекомбинация.
16. Сайт-специфична рекомбинация на ДНК.
17. Мутации. Генни мутации. Действие на гените.
18. Хромозомни мутации.
19. Генно инженерство (рекомбинантни ДНК-методи): Изследване на структурата на ДНК.
20. Генно инженерство (рекомбинантни ДНК-методи): Намеса във функцията на ДНК.

Клетъчна биология и биология на развитието
1. Клетъчен цикъл. Митоза
2. Контрол на клетъчния цикъл
3. Полови процеси и жизнени цикли

Имунология
1. Вроден имунитет.
2. Придобит имунитет. Хуморален имунитет. Строеж на имуноглобулините и техните епитопи.
3. Хуморален имунитет - функции на антителата.
4. Отчитане на реакцията антиген – антитяло: имунологични методи.
5. Клетъчен имунитет. Т-клетъчни рецептори (TCR) и техни епитопи. Главен комплекс за тъканна съвместимост (МНС).
6. Клетъчен имунитет - Функции на Т-убийците и Т-помощниците.
7. Генетична основа на антителата и Т-клетъчните рецептори.
8. Диференциране на лимфоцитите в централните лимфоидни органи.
9. Осъществяване на имунния отговор в периферните лимфоидни органи.
10. Регулация на имунния отговор. Имунна толерантност.
11. Трансплантации.
12. Еволюция на имунитета.
13. Кръвни групи.

"The future is already here – it's just not evenly distributed."

Неактивен Дозирис 2.0

  • Just Member
  • *****
  • Коментари: 2551
    • Профил
Re: Елементарна вирусна генетика
« Отговор #14 -: Октомври 30, 2021, 05:50:31 »
 :thup: За темата

Интересна е.


Неактивен ddantgwyn

  • Just Member
  • *****
  • Коментари: 4923
    • Профил
Re: Елементарна вирусна генетика
« Отговор #16 -: Октомври 30, 2021, 13:40:06 »

Quote (selected)
COVID-19 and outcomes of COVID-19
Results shown for a 50-59 year-old male who has no doses of the AstraZeneca vaccine, under high transmission scenario.

DescriptionRisk
Risk of getting symptomatic COVID-19 under current transmission and vaccination status   52,000 in a million
Risk of dying from COVID-19   190 in a million
Risk of dying from COVID-19 if you get infected   3,700 in a million
« Последна редакция: Октомври 30, 2021, 13:45:29 от ddantgwyn »
There is no dark side of the moon really …

Неактивен Алиса ..

  • Just Member
  • *****
  • Коментари: 2344
  • Алиса в страната на кривите огледала
    • Профил
Re: Елементарна вирусна генетика
« Отговор #17 -: Октомври 30, 2021, 16:21:24 »
.

Неактивен Джиджи

  • Just Member
  • *****
  • Коментари: 10566
    • Профил
Re: Елементарна вирусна генетика
« Отговор #18 -: Ноември 01, 2021, 10:22:47 »
Results shown for a 50-59 year-old male ...

А пък аз, щто още не съм са разсънила, на прима виста прочетох:

Results shown for а 50-59 period of time ... :t1815:

При което подскочих и са разсъних веднага ...  :lol:


Неактивен ddantgwyn

  • Just Member
  • *****
  • Коментари: 4923
    • Профил
Re: Елементарна вирусна генетика
« Отговор #19 -: Ноември 01, 2021, 10:28:19 »
и като се разсъни, разбра ли какво ни казва този австралийски калкулатор?
There is no dark side of the moon really …

Неактивен Джиджи

  • Just Member
  • *****
  • Коментари: 10566
    • Профил
Re: Елементарна вирусна генетика
« Отговор #20 -: Ноември 01, 2021, 10:49:58 »
и като се разсъни, разбра ли какво ни казва този австралийски калкулатор?


Щото Джиджи донт кеър ...

А единственото, дето Джиджи кеърс абаут, е да изследват ковид-ваксините поне толкова години, за да мирясате най-сетне болшинството от вас тъдява ...

И не само тъдява ...


Неактивен ddantgwyn

  • Just Member
  • *****
  • Коментари: 4923
    • Профил
Re: Елементарна вирусна генетика
« Отговор #21 -: Ноември 01, 2021, 10:55:25 »
Щото Джиджи донт кеър ...

а би трябвало да те кеърва :m1273:
There is no dark side of the moon really …

Неактивен Джиджи

  • Just Member
  • *****
  • Коментари: 10566
    • Профил
Re: Елементарна вирусна генетика
« Отговор #22 -: Ноември 03, 2021, 00:11:13 »
а би трябвало да те кеърва

Не мисля …

И ще се опитам да го обясня за втори път с нещо като „хигиена” на информацията, която се трупа ф междуушието ми, и на която то /междуушието ми / :lol:/ мноо често се съпротивлява самостоятелно …

Например, тва, дето ти си рекъл, че „требе да ме кеърва”, му’ий излишно и то се съпротивлява …

Щото последните 2-3-4 дни съм му набутвала единствено информация за „Триморието”, която на мен самата ми е интересна и даже смятам ф обозримо бъдеще да споделя и тукана – да сме живи и здрави!!!

А от утре му е писано /пак на междуушието ми!/ да почна да го заливам отново 2-3-4 дни с информация за „мултилатерализма”, която не ми е чак толкоз интересна – даже напротиф! – но просто няма как
Затуй, засега – ЛЕКА!


Неактивен Engels

  • Just Member
  • *****
  • Коментари: 4958
    • Профил
Елементарна вирусна генетика
« Отговор #23 -: Ноември 12, 2021, 19:37:18 »
Представете си организма като една държава пълна със замъци (клетки), извън замъците има  леко въоръжена и подвижна армия която ги охранява (антитела). В държавата периодично нахлуват чужди войски (вируси) които се опитват да се доберат до замъците и ресурсите вътре в тях. Армията (антителата) активно им пречат да превземат замъците като ги блокират по пътя им към тях. Но някои по-способни вражески отряди (вируси) все пак успяват да се доберат до някой замък (клетка) и я превземат, свалят знамената на държавата и издигат своите на кулите на замъка (клетка). След това започват да се възползват от ресурсите в замъка за нарастване на силата си. Същевременно вътре в замъка са защитени от армията (антителата). Но освен леко въоръжената и подвижна армия покрай замъците минават периодично тежко въоръжени войски (Т-Килъри) с инженерни съоръжения за превземане и разрушаване на замъци. Когато тези войски забележат, че на замъка се веят чужди знамена, нападат и унищожават замъка. А леко въоръжената и подвижна армия (антителата) доубива спасилите се вражески войници от разрушения замък.
Quote (selected)
Неспецифичното разграждане е привлечено и в служба на имунната защита. От всеки белтък, който се синтезира в цитозола, малка "квота" се нарязва в протеазомите. Не всички пептиди се доразграждат. Специален транспортен белтък пренася част от тях в лумена на ендоплазмената мрежа. Те се настаняват в жлеб върху молекулата на определени мембранни белтъци – т. нар. антигени от I клас на главния комплекс за тъканна съвместимост. Полученият агрегат, след като мине през апарата на Голджи, се изкарва на клетъчната повърхност. 
Цитотоксичните Т-лимфоцити (Т-убийците) наблюдават тази "изложба" (знамена). На повечето пептиди не обръщат внимание, но ако забележат непознат пептид (чуждо знаме), остават прилепени към клетката и предизвикват смъртта й (разрушават замъка). Твърдата мярка е оправдана: клетка, в която се синтезират невиждани дотогава белтъци, трябва да е заразена с вирус.
Сега да си представим, че имаме преболедуване без ваксинация.
Първи на вируса реагира вроденият имунитет, след което минават няколко денонощия преди имунната система да може да изработи значително количество специфични антитела срещу вируса. През това време много клетки ще бъдат превзети от вируса, тогава се намесват Т-Килърите (клетъчен имунитет) и започват да унищожават тези клетки. От продължителността и тежестта на боледуването зависи количеството на образуваните антитела.
А сега да си представим същия случай с РНК ваксина.
РНК на част от шиповия протеин попада в клетката и тя започва да произвежда този протеин. Част от този протеин се нарязва и излиза на повърхността на клетката където Т-Килърите го забелязват и атакуват клетката като предизвикват нейното разрушаване.
Шиповият протеин попаднал извън клетката предизвиква изграждането на антитела срещу него.

Но армиите от антитела и Т-Килъри имат нужда от военачалници и тази роля изпълняват Т-помощниците.
Quote (selected)
За  да  има  смисъл  намесата  на  Т-лимфоцита,  той  явно  трябва  да  подпомага  В-лимфоцити,  специфични  за  същия  антиген.  Възниква  обаче  въпросът  как  ги  различава  от другите  В-лимфоцити.  Ако  Т-помощниците  разпознаваха  нативния  антиген  като  В-лимфоцитите,  би  могло  молекули  антиген  да  се  свържат  с  В-  и  Т-лимфоцита едновременно  и  да  образуват  мост  между  двете  клетки.  По-рано  наистина  се  е предполагал такъв механизъм на взаимодействие. Днес обаче знаем,  че Т-лимфоцитите не разпознават  части  от  нативния  антиген,  а  откъснати  от  него  пептиди  в  комплекс  с  МНС. Следователно  епитопите  за  В-лимфоцита  и  Th2-помощника  са  съвсем  различни,  макар  да са  части  от  една  и  съща  антигенна  молекула.  Именно  това  налага  В-лимфоцитът  да  бъде антиген-представяща  клетка  –  да  поглъща  антигена,  свързал  се  върху  повърхностните  му рецептори, да го смила частично и да изнася получените пептиди заедно с МНС ІІ клас. За Тh2-помощника така представените  пептиди са сигнал, че този В-лимфоцит е специфичен за  същия  антиген  и  измежду  множеството  В-лимфоцити  именно  той  трябва  да  бъде активиран, за да се дели и да се диференцира до плазмоцит. Можем  да  обобщим,  че  докато  Th2-помощниците  и  подпомаганите  от  тях  В-лимфоцити осъществяват  имунната  защита  срещу  извънклетъчни  патогени,  Th1-помощниците  и  подчинените им  Т-убийци  и  макрофаги  отговарят  за  патогените-вътреклетъчни  паразити.  Но  независимо  дали имунният  отговор  е  предимно  хуморален или  предимно  клетъчен,  за  него  трябват  Т-помощници.
Затова  вирусът  на  СПИН,  който разпознава  тези  клетки  по  маркера  CD4  и  ги  атакува,  изцяло изважда  от  строя  имунната система. Можем да смятаме Т-помощниците за ръководители на имунния отговор.

Причината ваксинирането да се прави на два етапа е следната:
Quote (selected)
Първичен и вторичен имунен отговор. Принцип на ваксинацията.
Специфичният  имунитет  се  нарича  придобит  не  само  защото  имунният  отговор  "се разработва"  след  проникването  на  патогена,  а  и  защото  силата  му  зависи  от  това  дали даденият  патоген  вече  е  познат  на  имунната  система.  Когато  антигенът  е  проникнал  в организма за пръв път ,  имунният отговор  срещу него се нарича първичен, а при второ или следващо  проникване  –  вторичен.  Отдавна  е  забелязано,  че  вторичният  имунен  отговор  е значително по-бърз и по-силен от първичния. Обикновено няма съществено допълнително усилване при трета и следваща среща със същия антиген. Причината  първичният  имунен  отговор  да  отстъпва  на  вторичния  е,  че  има  по-лош старт – започва от твърде малко клетки. Размножаването им изисква доста последователни деления,  а  за  всяка  митоза  са  нужни  часове.  Затова  след  проникването  на  антигена минават няколко денонощия, докато имунният отговор срещу него стане забележим, а през това  време  организмът  е  принуден  да  разчита  само  на  вродения  имунитет .
Какво се случва когато един вирус е вече унищожен.
Quote (selected)
Когато даден имунен отговор приключи успешно с унищожаване на антигена, повечето специфични за него Т-лимфоцити загиват. Малка част обаче остават и се превръщат в Т-клетки на паметта. Те могат да живеят дълго, понякога десетки години.
Ако прекарана инфекция остави траен и дори пожизнен имунитет, това се дължи на Т-клетките на  паметта.  Тимусът  може  да  си  позволи  да  инволюира  с  възрастта  именно  защото  с времето  за  все  повече  антигени  има  Т-клетки  на  паметта  и  са  все  по-малко  новите антигени, за които се разчита на новообразувани Т-лимфоцити.
Докато  за  Т-клетките  на  паметта  се  смята,  че  са  бивши  ефектори,  това  явно  е невъзможно за  В-клетките  на  паметта.  Както  знаем,  ефекторът  на  В-клетъчния  ред  –плазмоцитът ,  е  крайно  диференцирана  клетка  с  къс  живот .  Затова  още  докато  трае хуморалният  имунен  отговор,  някои  В-лимфоцити  с  висок  афинитет  към  антигена  вместо до  плазмоцити  се  диференцират  до  В-клетки  на  паметта.  Това  става  под  контрола  на  Т-помощниците  и  засяга  В-лимфоцити,  претърпели  изотипно  превключване.  Затова вторичният  хуморален  имунен  отговор  се  основава  главно  на  IgG,  IgA  и  IgE,  докато  IgM-антителата  се  образуват  приблизително  в  същото  количество  и  за  същото  време  като  при първичния  имунен  отговор.  Както  и  трябва  да  очакваме,  Т-независимите  антигени  не оставят  забележима  имунна  памет ,  защото  няма  кой  да  каже  на  специфичните  за  тях  В-лимфоцити да станат клетки на паметта.
http://www.mayamarkov.com/biology/home.htm
"The future is already here – it's just not evenly distributed."

Неактивен AnonimusBG

  • Just Member
  • *****
  • Коментари: 4437
    • Профил
Re: Елементарна вирусна генетика
« Отговор #24 -: Ноември 12, 2021, 19:49:12 »
Енгелс
Както винаги ми е сложно с твоите коментари, но ме карат да се напрягам, да ровя и да поумнявам малко.
 :th_up:

Неактивен Eisblock

  • Just Member
  • *****
  • Коментари: 1618
    • Профил
Re: Елементарна вирусна генетика
« Отговор #25 -: Ноември 12, 2021, 23:06:36 »
И от мен  :th_up: за Енгелс!

Неактивен Mae Ashi

  • Just Member
  • *****
  • Коментари: 977
    • Профил
Re: Елементарна вирусна генетика
« Отговор #26 -: Ноември 19, 2021, 20:11:57 »
Това ще го пусна тук, да не се изгуби, защото вече стана дума за учебникарския пример как пропускащите ваксини могат да доведат до създаване на по-вирулентен щам:
Quote (selected)
Could some vaccines drive the evolution of more virulent pathogens? Conventional wisdom is that natural selection will remove highly lethal pathogens if host death greatly reduces transmission. Vaccines that keep hosts alive but still allow transmission could thus allow very virulent strains to circulate in a population. Here we show experimentally that immunization of chickens against Marek's disease virus enhances the fitness of more virulent strains, making it possible for hyperpathogenic strains to transmit. Immunity elicited by direct vaccination or by maternal vaccination prolongs host survival but does not prevent infection, viral replication or transmission, thus extending the infectious periods of strains otherwise too lethal to persist. Our data show that anti-disease vaccines that do not prevent transmission can create conditions that promote the emergence of pathogen strains that cause more severe disease in unvaccinated hosts.

Imperfect Vaccination Can Enhance the Transmission of Highly Virulent Pathogens
https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1002198


Неактивен buratinob

  • Just Member
  • *****
  • Коментари: 14516
    • Профил
Re: Елементарна вирусна генетика
« Отговор #27 -: Ноември 19, 2021, 20:18:43 »
Много нАука се разплиска по терена та го разкаля, направо го направи блато и на дъното потънаха едни стари постулати:
По време на пандемия ( каквато нямаме по предните стандарти кога на брой заболели имаше по една нула повече )  не се правят ваксинации!
Ма Кой да чака да затихне като толкова кинти се търкалят по земята.

Неактивен Engels

  • Just Member
  • *****
  • Коментари: 4958
    • Профил
Елементарна вирусна генетика
« Отговор #28 -: Декември 03, 2021, 22:57:39 »
Винаги е за предпочитане когато става въпрос за вируси да не се подвеждате по дрънканиците на лекарите, а да слушате професионалистите, в случая това са генетиците и особено еволюционните биолози.
А най-добрите такива са в Калтек и Станфорд.
Отказът да приложим алгоритъма за унищожаване на вируса е предумишлено убийство на милиони
Г-н Маринов, появи се нов вариант на COVID, който е твърде притеснителен. Какво всъщност представлява южноафриканският вариант и колко по-страшен е в сравнение с делта?

Вариантът беше забелязан за първи път във вторник сутринта. И се получи нещо безпрецедентно – обикновено тези неща се забелязват от малката група „ловци на варианти“, които ги следят, след което следват седмици на игнориране от широката общественост и едва тогава започва да им се обръща внимание (точно така се получи с Делта – минаха два близо месеца между осъзнаването на опасността от този тесен кръг хора и нейното по-широко признаване).

Не и в този случай – тук изминахме целия път от постване на първите секвенции в GISAID базата данни и предложение за нов вариант в GitHub-a на PANGO, до официално обозначаване на новия вариант (B.1.1.529), до заглавия в световната преса в рамките на само 36 часа, а след още ден вече имаме и затваряне на граници. Което показва колко сериозно е положението и какво е нивото на уплаха на доста високо равнище.

Вариантът се е появил най-вероятно в района около Йоханесбург и Претория в Южна Африка, където в момента той движи безпрецедентна по скоростта си четвърта вълна. Малко контекст, за да се разбере какво означава това. В Южна Африка населението е със средна възраст под 30 години, но страната е загубила 0.45% от популацията си по време на пандемията (толкова е извънредната смъртност; официалната е много по-малко, тъй като там повечето хора умират, без да се тестват), в някои провинции дори и 0.65%. За сравнение, България води в тази печална класация, като е загубила вече между 0.7-0.9% от населението си (в зависимост от това какво ще покаже преброяването относно знаменателя в калкулацията), но при нас имаме застаряло население със средна възраст 45 години.

Тази смъртност в Южна Африка е резултат на три големи вълни – една лятото на 2020 г., движена от оригиналния B.1 вирус, втора от края на 2020 г. и началото на 2021 г., движена от новопоявилия се тогава вариант B.1.351, и трета вълна от средата на 2021 г., движена от делта. Третата вълна беше толкова голяма, колкото двете първи вълни, взети заедно. Но още след първата вълна имаше сероизследвания, показващи заразяване от 20%, 30%, даже и 50-60% на места в страната, а след втората вълна се отчитаха стойности между 40% и 65%.

Т.е. след делта вълната в Южна Африка би трябвало да има малко хора, които не са прекарали вече COVID, както и голям брой, които са го карали повече от веднъж (имаше много реинфекции още по време на втората вълна). Към това се добавят около 30% ваксинации.

В този контекст наблюдаваме безпрецедентен по скоростта си скок на случаите (с 320% само за седмица в района на Йоханесбург и Претория) и също толкова безпрецедентна подмяна на доминиращия вариант. Дори на делта беше нужен поне месец да стане доминантен, когато изместваше предишните варианти, като това ставаше в популации с много по-ниски нива на предишно заразяване, а тук виждаме как за по-малко от две седмици всички случаи вече са новият вариант. По първоначални сметки новият вариант има 500% предимство, т.е. поне шест пъти спрямо това на делта спрямо Алфа.

Има две възможности да се обясни това.

Първо, вариантът наистина е невероятно суперзаразен. Само че това би го направило пъти по-заразен и от дребната шарка, така че едва ли е само това.

Второ, вариантът показва пълна или почти пълна резистентност към съществуващия имунитет (отново говорим за Южна Африка, където почти не са останали неинфектирани и неваксинирани хора) и реално сме се върнали към февруари-март 2020 г., когато за последно се наблюдаваха такива епидемиологични криви. Т.е. в момента всички тези хора, които са карали COVID преди или са ваксинирани, се заразяват от вирус, който не се интересува особено от това, че те имат антитела към предишните, много различни от него, версии на SARS-CoV-2.

Вероятно става дума за комбинация от двете неща.

B.1.1.529 има абсолютно ужасяваща комбинация от мутации, имащи отношение към избягването на съществуващия имунитет.

Но освен това има и серия мутации, за които се знае от други варианти, че дават по-висока заразност – мутации в N протеина, които осигуряват по-ефективно „опаковане“ на вирусните частици, мутации в т.нар. Furin Cleavage Site (FCS) на S протеина, които водят до по-висока заразност и повишена способност за предизвикване на сливане на заразени с незаразени клетки, и мутации, за които се подозира, че водят до по-мощна анти-интерферонна активност.

Дори и отявлен песимист като мен не предполагаше, че ще се стигне до поява на нещо такова толкова внезапно и от нищото, но ситуацията ескалира много бързо и е наистина критична в момента – говорим за потенциален рестарт на пандемията отначало.

Каква е причината за възникването на новите варианти?

По всичко изглежда, че основният механизъм за възникване на варианти до момента са хроничните инфекции у хора с имунна недостатъчност. Това дава възможност на вируса да еволюира в продължение на много месеци под натиска на имунната система, която обаче не е в състояние да го изчисти напълно, и по този начин да акумулира много и разнообразни мутации. Докато в един момент удари джакпота и намери точната комбинация, която да създаде нещо наистина чудовищно.

В подкрепа на тази идея са няколко факта.

Първо, има серия публикувани директни изследвания върху такива пациенти, при които вирусът бива секвениран лонгитудинално (има документирани случаи на пациенти, които не могат да изчистят инфекцията и повече от година), и точно това се наблюдава – акумулация на мутации с течение на времето.

Второ, няколко от новопоявилите се през последните 12 месеца варианти показват т. нар. дълги разклонения във филогенетичното дърво, т.е. те се появяват изведнъж с много мутации и са много отдалечени от всички останали секвенции, без да има нищо близко до тях. Това означава, че най-вероятно не става дума за предаване на вируса през отделни хора, при което той да акумулира мутации постепенно (тъй като в такъв случай може да се очаква да се наблюдават междинни секвенции), а точно за сценария, който описах по-горе.

Такъв беше случая и с B.1.1.7/Алфа, и с B.1.351/Бета, и с P.1/Гама, и т.н. Особено драстични са обаче последните два случая, които се появиха на рекордно дълги такива клонове на дървото – първо B.1.640 от Конго (Бразавил), който също имаше много плашеща колекция от мутации и беше първо открит през октомври, но той е нищо в сравнение с B.1.1.529.

За отбелязване е, че Делта беше изключение от това правило, тъй като той се появи вече с доста голямо генетично разнообразие от самото начало, така че там вероятно е ставало дума за предаване между хора, но вероятно пак с имунна недостатъчност.

Трето, до момента най-много и най-дивергирали варианти идват от южна Африка (с малка буква – държавата Южна Африка ги открива първа, но не е никак ясно дали всички от тях са се появили за първи път в нейните граници, просто в околните държави почти или изобщо не се секвенира, с изключение на Ботсвана) - първо B.1.351, после C.1.2, B.1.638, сега и B.1.1.529. А.30 също беше хванат там, макар че вероятно е от Танзания. А това е регионът в света, в който са концентрирани повечето болни от СПИН. Говорим за десетки милиони такива хора, повечето от които бяха заразени със SARS-CoV-2 след трите опустошителни вълни, и които представляват армия от инкубатори на нови варианти.

Съмнително е дали B.1.1.529 ще е последният такъв вариант, който ще излезе от там, по-вероятно е да ни чакат още много неприятни изненади, освен ако не се окаже нужната помощ на тези държави да се изчистят от вируса.

До колко работят ваксините срещу новите варианти?

Няма как да се даде цифра за ефективността без никакви емпирични данни, но може да се даде контекста на това, което се знае.

Първо, да уточним, че самият въпрос изпуска нещо много важно – доколко работят ваксините е функция на това каква е ваксината, колко дози са сложени, и най-важно, колко време е минало след последната доза. Протекцията за съжаление трае само няколко месеца, тъй като неутрализационните титри падат много бързо. Вече с Делта варианта имахме огромен проблем с пробивите във ваксините.

Второ, по груби оценки, човек си губи защитата от инфекция, когато неутрализиращите му антитела паднат 5 пъти под средното ниво при наскоро преболедувалите. Защитата от тежко протичане се губи след по-нататъшно спадане, от порядъка на 20-30 пъти. Като РНК ваксините индуцират няколко пъти по-високи антитела от тези след преболедуване.

Спрямо B.1.351/Бета варианта неутрализацията спадна около 8 пъти само от промяната на антигенните свойства на вируса. B.1.351 имаше три мутации в RBD - K417N, E484K и N501Y.

Спрямо колумбийския вариант B.1.621/Мю, редукцията е 12 пъти. RBD мутациите при B.1.621 са R346K, E484K и N501Y. В последните месеци се появи по-мутирала версия на B.1.621, с допълнителна Y449N мутация, но тя не е измервана директно.

Спрямо C.1.2 редукцията е 1.7 пъти повече от тази при B.1.621 - беше измерена на друга скала, така че нямаме директно сравнимо число, но можем да предположим поне 15 пъти. Със сигурност повече от B.1.621/Мю. Там мутациите са Y449H, E484K и N501Y, понякога и плюс T478K.

Като трябва да се отбележи и че Делта вариантът има само две RBD мутации - L452R и T478K. В NTD има почти пълна загуба на неутрализация, но това е така за повечето варианти - NTD е много пластичен и там е лесно да се еволюира резистентност. При Делта основният механизъм на пробиване на ваксините е най-вероятно скоростта на репликацията и скриването от имунната система чрез образуването на синцитиуми, която позволява на вируса да се намножи много бързо до нива, на които адаптивния имунен отговор не може да насмогне.

B.1.640 има пет мутации - R346S, N394S, Y449N, F490R, N501Y. Той не е измерван директно, само че е сигурно, че е много по-резистентен от C.1.2, просто на база количеството и позицията на мутациите (F490S е основната резистентна мутация при C.37/Ламбда варианта от Перу).

След тази дълга прелюдия, ето колекцията от RBD мутации в новия вариант: S371L; S373P; S375F; K417N; N440K; G446S; S477N; T478K; E484A; Q493K; G496S; Q498R; N501Y; Y505H.

Общо 14 на брой!

Имаме T478K от Делта, K417N, E484 и N501Y мутации (каквито има в Бета и други варианти), плюс още много. За някои от тях се знае не малко. N440K е още една резистентна мутация, която се наблюдаваше преди в няколко от по-малко известните варианти по света, същото важи и за S477N. G446S и G496S също са резистентни мутации, това се знае от инвитро изследвания, но те до момента не са дефинирали варианти. За мутациите около позиции 370-375 не се знае нищо.

Но Q493K и Q498R са добре изследвани преди инвитро и за тях се знае, че са силно резистентни към антителата, образувани спрямо оригиналния вирус, като същевременно в точната комбинация могат да повишат афинитета към ACE2 рецептора около хиляда пъти. Даже беше мистерия защо едва сега се появява вариант с тях – очакваше се това да стане отдавна (но разбира се не точно в тази форма).

Т.е. имаме множество мутации във всеки от трите неутрализиращи RBD епитопа. NTD също е неутрализиран напълно – там имаме A67V, del69-70 (поради която делеция една от PCR пробите не работи, което позволява вариантът да се следи и без секвениране), T95I, G142D, del143-145, del211/L212I, и ins214EPE.

Има и още нещо важно: наскоро беше изследвана крос-неутрализацията между B.1.351/Бета и Делта вариантите. И се оказа, че човек, който преди е преболедувал Делта, неутрализира Бета с 34 пъти редукция, т.е. за него Бета е почти нов вирус. Този сценарий не го видяхме в реалния живот, тъй като Бета изчезна, но лабораторните резултати са обективни и реални.

Това са фактите.

На тяхна база единственото разумно заключение е – от днешна дата всеки следва да се счита за напълно неваксиниран и незащитен, дори и да е с пресни три дози и дори и току-що да е прекарал COVID (аз си сложих трета доза миналата седмица, но сега ще се наложи да мина обратно от N95 маски на P100). И да се надяваме ваксините да имат някакъв ненулев ефект, но като се има предвид как те бяха пробити от Делта, никой не бива да разчита на каквато и да било ефикасност.

Това го казвам с пълното осъзнаване, че ще бъда обвинен за пореден път в „алармизъм“', но отново, изложих подробно фактите именно за да видите на какво се базира това заключение.

И нека се надяваме реалният живот да ме опровергае с по-позитивни новини.

Защо ваксините не обучават организма как да се справя с коронавируса, а се налага регулярно да стимулираме създаване на антитела чрез ваксинация?

Има вируси, които са по-силни от адаптивния имунитет. HIV е класическият пример, но много от респираторните такива също имат това свойство, даже повечето. Примерно хората се реинфектират с RSV дори само 3-4 месеца след преболедуване.

Коронавирусите също са в тази категория. Трябва винаги да се помни, че ако се създаваше траен имунитет към тях, те щяха много отдавна да са изчезнали сред прилепите – всички прилепи в колонията се заразяват, създава се стаден имунитет, и после какво става? По сценария, по който хората се прилъгваха да вярват последните 20 месеца, че вирусът изчезва. Само че коронавирусите съжителстват с прилепите вече милиони години. Как е станало това?

Конкретно при SARS-CoV-2 става въпрос за комбинация от антигенен дрифт (за който говорих по-горе) и скорост на репликация – да, клетки на паметта има, но на тях им отнема няколко дена да се задействат, а през това време върви мощна експоненциална репликация. Съответно единственото нещо, което наистина защитава, са високите нива на вече съществуващите неутрализиращи антитела. Само че тези антитела спадат много бързо и тогава защитата се губи.

Може ли да бъде унищожен COVID завинаги и по какъв начин при положение, че коронавирусът е зооноза вирус и е съществувал винаги в природата?

Този аргумент е абсурден.

SARS коронавирусите съществуваха в природата и преди пандемията. Както и MERS, Ебола, Марбург, и какво ли още не, но никой до момента не ни казваше, че трябва „да се научим да живеем с тях“, нали така?

Елиминацията на COVID е технически много добре дефиниран и напълно решен проблем – трябва да се идентифицират всички заразени, след което да се изолират, докато те изчистят вируса, и да се блокират пътищата за неговото повторно внасяне. Знаем как да го направим, още повече, че сега имаме ваксини и антивирусни препарати, които да ни помогнат (примерно хапчето на Пфайзер би помогнало много за изчистването на вируса при хроничните случаи). Но ние отказваме да приложим добре установения и гарантиран да проработи алгоритъм за постигането на тази цел, по политически причини.

Което, първо, е реално предумишлено масово убийство на милиони, и второ, гарантира, че пандемията никога няма да свърши. Ако развитията от последните няколко дена не убедят всички в това, не знам какво ще може да го направи.

Какъв е алгоритъмът за пълно унищожаване на вируса?

Затваряне на границите между всички държави с изключение на абсолютно наложителния транспорт; разделяне на самите държави на региони, между които не може да се пътува; пълен локаун по китайски; масово тестване на всички, за да се намерят всички заразени; изолация на заразените (не по домовете им, а в центрове за това – специално построени, в хотели, болници и т.н.); повтаряне на тестването докато даден район не се изчисти; сливане на „зелените“ райони след поне 2-3 седмици на нула случаи в тях; отваряне на границите между „зелените“ държави, в които е постигната пълна елиминация. Това се прави в Китай, когато има огнища.

Каква е причината този коронавирус да е толкова смъртоносен за човека?

Всъщност мистерията е точно обратната – защо COVID е толкова лек. SARS-1 от 2003 г. беше десет пъти по-смъртоносен, въпреки че S протеинът на SARS-2 e много по-мощен в контекста на човешкия организъм. А до момента всяко едно „подобрение” на S протеина в хода на пандемията води до по-висока смъртност. Т.е. налага се заключението, че останалата част на вируса е по-немощна в борбата си с имунната система (един солиден резултат, репродуциран от множество изследвания, който вероятно обяснява голяма част от тази разлика, е, че SARS-1 показва много по-мощна анти-интерферонна активност, макар че не е напълно ясно все още кои точно вирусни протеини обуславят тези различия).

Иначе механизмът на патогенезата е на две нива – директно клетъчно увреждане от вируса, който има много широк тропизъм в тялото, тъй като ACE2 рецепторът е експресиран в много от вътрешните органи, и, което изглежда е по-важното, има няколко механизма, чрез които се получава хиперактивация и дисрегулация на собствената имунна система, която после нанася повечето поражения. И после остава при много хора в трайно състояние на дисрегулация, откъдето и идват дългосрочните автоимунни проблеми.
"The future is already here – it's just not evenly distributed."